基于网络药理学探究黄柏治疗骨性关节炎机制

发布时间：2024-04-23 03:42

　　目的:研究黄柏(phellodendri chinrnsis cortex,PCC)治疗骨性关节炎(osteoarthritis,OA)的作用机制。方法:运用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)从化合物口服利用度以及类药性两方面对黄柏的活性成分进行筛选和收集,通过人类基因数据库(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选OA的作用靶标。结合STRING数据库构建靶蛋白相互作用网络,筛选连接度排名前5位的靶蛋白,并利用分子对接服务器预测其与PCC活性成分的结合活性。借助网络拓扑属性分析软件Cytoscape 3.7.1构建PCC活性成分-靶点-OA疾病网络。使用Cytoscape 3.7.1软件中的ClueGO插件对靶点基因本体(gene ontology,GO)生物过程和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)中代谢通路进行富集分析...

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【部分图文】：

图1PCC-OA共靶Venn图

把OA的相关基因靶点2470个与PCC的潜在作用基因靶点进行交集,得到共同靶标基因共45个,PCC有可能通过以上45个共靶对OA起治疗作用。见图1。2.4蛋白质相互作用网络分析

图2PCC治疗OA的关键靶点(排名前30)

在上述研究基础上构建PCC活性成分-靶点-OA疾病网络图,详见图3。图中共涉及节点64个,边141个,椭圆形代表PCC,椭圆形周围的矩形节点代表PCC的活性成分,八边形代表OA疾病,八边形周围的矩形节点代表PCC作用于OA的共同靶标基因。在该网络图中,所有活性成分都至少与2个以上....

图3PCC成分-靶点-OA疾病网络

使用Cytoscape3.7.1软件中的ClueGO插件对45个与治疗OA相关的靶点进行GO富集分析,选取P<0.001的结果,进行可视化。纵轴代表PCC治疗OA的生物过程的重要性,排名越靠近上方重要性越高。横轴代表该生物过程在治疗过程中的占比。柱状条的数字代表该生物过程富集的....

图4PCC治疗OA的GO分析条形图

通过Cytoscape3.7.1软件中的ClueGO插件对45个与治疗OA相关的靶点进行KEGG富集分析,选取P<0.001的结果进行可视化。图示意义参考2.6项下。由图5可知,PCC治疗OA的相关通路共有47个条目,重要性排名前5位的通路分别有:药物代谢(drugmetab....

本文编号：3962565