转录组高通量测序筛选烟雾病相关miRNA作为可能的生物标志物及联合分析

发布时间：2024-03-02 04:12

　　目的:烟雾病是以双侧颈内动脉末端慢性狭窄或闭塞、继发颅底异常血管网形成为特征的脑血管病。病因及发病机制尚不明确。为了解烟雾病微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱特征,我们应用lllumina-Seq技术对烟雾病患者全血进行转录组深度测序。为了构建差异表达miRNA的可能调控网络,我们对高通量测序结果得到的miRNA差异表达谱进行了进一步的筛选、验证及生物信息学分析,并结合转录组测序数据进行关联分析。为深入认识miRNA在烟雾病发生及发展中的分子生物学机制奠定基础,从而为烟雾病的早期筛查,最大程度预防新病例的发生以及通过早期治疗减缓疾病进程等提供可能的研究方向。方法:1、应用lllumina-Seq技术对5例烟雾病患者及5例正常对照者的全血样本进行sRNA和转录组深度测序,对miRNA差异表达谱进行分析并筛选;2、应用RT-qPCR的方法对7条差异表达miRNA在用于高通量测序阶段的5个病例及5个对照中进行结果一致性的验证,同时进一步扩大样本量在独立的7例烟雾病患者及8例正常对照中检测3条目的miRNA表达水平;3、应用生物信息学方法及相关分析软件对差异表达的miRNA进行靶...

【文章页数】：63 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
英文缩略语
1 前言
2 材料与方法
    2.1 研究对象
    2.2 烟雾病入选标准
    2.3 主要试剂与仪器
    2.4 实验方法
        2.4.1 血样制备
        2.4.2 全血总RNA提取及质量监控
        2.4.3 文库构建及质量检测
        2.4.4 上机测序
    2.5 烟雾病高通量测序及miRNA差异表达谱分析
        2.5.1 miRNA原始数据测序质量控制
        2.5.2 mRNA、lncRNA测序数据整理及数据量统计
        2.5.3 miRNA表达及差异分析
    2.6 差异表达miRNA的 RT-qPCR验证
        2.6.1 全血Total-RNA提取
        2.6.2 RNA浓度及纯度测定
        2.6.3 反转录合成c DNA
        2.6.4 PCR引物的合成
        2.6.5 荧光实时定量PCR
    2.7 差异表达miRNA靶基因预测和功能富集分析
        2.7.1 miRNA靶基因预测
        2.7.2 差异表达miRNA靶基因的GO和 KEGG富集分析
    2.8 差异表达miRNA与转录组测序数据联合分析
    2.9 ceRNA调控网络分析
3 结果
    3.1 样品总RNA质量检测
    3.2 高通量测序的结果及数据分析
    3.3 miRNA差异表达分析
    3.4 烟雾病及其对照组全血中miRNA实时定量PCR验证结果
    3.5 扩大样本量验证差异miRNA在烟雾病患者与对照组中的表达水平
    3.6 差异表达miRNA靶基因的GO和 KEGG富集分析
    3.7 联合分析
    3.8 lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA关系对分析结果和调控网络图
4 讨论
5 结论
本研究创新性的自我评价
参考文献
综述 烟雾病的基因转录后调控研究进展
    参考文献
攻读学位期间获取的研究成果
致谢
个人简介



本文编号：3916315