基于癌症异质性寻找前列腺癌相关新型miRNA调控的生物通路

发布时间：2024-03-31 17:16

　　癌症异质性一直是研究人员在分子表达分析过程中尝试解决的问题。本课题使用4组公开的microRNA芯片数据来评价考虑癌症异质性的芯片算法，分别是LSOSS,COPA, MOST, ORT, OS以及传统的t-test，得出结论要发现那些只在部分样本中表达发生变化的microRNA，只能通过使用更适合的考虑癌症异质性的算法，而不是传统的方法。这里，为了方便实验人员把这些算法运用到自己的实际实验中去，我们还构建了一个整合以上六种算法的具有良好图形用户界面的Java程序。通过比较不同层次上数据间一致性的差异，我们发现在系统和功能层次上能较好的找到不同实验组数据之间的共同点。分析上述4组数据后，最终得到了富集的38个GeneOntology条目，16个KEGG通路和99个GeneGo通路。在最显著的15个GeneGo通路中，4个被之前的研究报道过，剩下的我们也通过分析通路中的组成基因来证实和前列腺癌相关。 另外，本课题还收集了近年PubMed上报导的与前列腺癌相关的通路，将它们与近期研究的比较热门的癌症Hallmarks关联，初步建立了一个针对前列腺癌相关通路的详尽的数据库。

【文章页数】：52 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1可信miRNA在各个算法筛选出的差异miRNA中占的比例

一小部分癌症样本中表现出高表达。而类似t-test的算法由于会平均化正常和癌症本中基因的表达信号值，因而会消除这种特性。考虑到这种致癌基因的激活模式Tomlins等作者证明了在这种情况下，t-test很难发挥作用[15]。为了解决这一难题，近年国际上发表了一系列新的检测差....

图24组数据集在不同层次上的两两比较重叠分析

图24组数据集在不同层次上的两两比较重叠分析。为了保持重叠分析中数据和分析过程的一致性，我们使用同一款软件MetaCore对差异表达miRNA的靶基因进行GeneOntology（GO-MF，分子功能；GO-BP，生物过程）和通路层次的富集。然后，我们分别计算了6....

图3富集得最显著的GeneGo通路图：DevelopmentLigand-independentactivationofESR1andESR2

图3富集得最显著的GeneGo通路图：Development_Ligand-independentactivationofESR1andESR2。附录1显示了改图的图例。差异基因在图中用红色柱子标注，标有字母“D”的粉红色六边形标识的是与前列腺癌相关的基因。t....

图4基因集富集到的不同生物功能的概况

4基因集富集到的不同生物功能的概况。至少在3组数据集中被认定为差异miRN为基因集分别富集到GO（FDR<0.001）,KEGG通路（p<0.001）和GeneGo通路（FD边方框里列出来的是最显著的5个GO条目，KEGG通路和GeneGo通....

本文编号：3944256