肾透明细胞癌中基于MethylCap-seq芯片数据的新侯选基因DNA甲基化谱及其临床价值的研究

发布时间：2024-03-05 19:23

　　第一部分MethylCap-seq芯片数据的获得和细胞株中DNA甲基化的筛选 目的：对新候选基因的甲基化差异区域在细胞株786-0中进行初步的筛选验证。材料与方法：MethyCap-seq芯片数据的获得本研究基于MethylCap-seq技术的筛选高通量数据来源于复旦大学郭士成博士。RPMI1640培养液培养肾癌786—0细胞并传代,抽取复旦大学附属肿瘤医院组织样本库中肾透明细胞癌配对癌旁组织1例。离心柱法提取DNA。重亚硫酸测序PCR检测目的片段甲基化情况。结果：CD9：正常肾组织中甲基化率84.29%、786-0中甲基化率为88.57%。FBXW10:正常肾组织中甲基化率22.22%,786-0中甲基化率84.44%。HIST1H3E:正常肾组织中甲基化率97.33%,786-0中甲基化率96%。LEP：正常肾组织中甲基化率67.03%,786-0中甲基化率84.32%。SMPD3：正常肾组织中甲基化率35.71%,786-0中甲基化率82.86%。GGT6：正常肾组织中甲基化率94.29%,786-0中甲基化率80%。结论：实验结果表明,FBXW10和SMPD3两基因高甲基化仅发...

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【部分图文】：

图1.2个DNA样本的基因组DNA检测泳道1：MarkerDL15000(从上到下依次为：

在http://quma. cdb.riken..]‘p/网站上对各样本测序结。组DNA检测电泳图

图2目的片段的PCR扩增

图1.2个DNA样本泳道1：Mar15000,10000,7500，3.2目的片段的PCR扩增电泳图

图3焦憐酸测序原理图

没有聚合的dNTP、反应过剩的dNTP和ATP则迅速被反应体系中的三憐酸腺订双隣酸酶降解，反应体系得以再生(图3)。第五步，随后加入另一种dNTP，重复上述第—至第四步反应过程。34

图1癌旁正常组织中SbiPD3甲基化率与Fuhrman分级的关系

本文编号：3919924