金黄色葡萄球菌的药靶基因预测

发布时间：2024-03-14 05:39

　　目的利用生物信息学方法从基因层面筛选金黄色葡萄球菌(金葡菌)药靶基因。方法应用Zcurve、Prodigal等软件重新注释金葡菌基因组并预测到61个漏注释基因,其次列出金葡菌的必需基因170个、高表达基因185个(20～205个)及基因组岛基因32个,通过同源比对排除人类及有益肠道菌群基因,最后在DrugBank上检索核查目标药靶。结果通过反复筛选并排除肠道有益菌群后最终得到SAZ172₀418、SAZ172₀420、SAZ172₁976、SAZ172₁978、SAZ172₁980、SACOL1524、SA2981₁507、SA2981₂326、SA2981₂521、SA2981₁955共10个可作为药靶的基因。结论筛选出的10个基因可对金葡菌耐药菌株的广谱抗菌药物研制提供理论帮助。

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【部分图文】：

图1药靶基因筛选流程图

-11-的共同必需基因。保证了必需基因在每个金黄色葡萄球菌菌株中均是存在的，同时反复任选2个金黄色葡萄球菌菌株取交集再推广到49菌株检验结果的准确性。5确定基因组岛基因基因组岛是通过水平基因转移的进化过程从同种族或异种族的生物中获得功能相关基因簇，具有抗生素抗性，细菌毒力相关基因....

本文编号：3928140