基于高通量测序技术分析3种羊肉混合基因组序列的短片段重复序列

发布时间：2024-03-09 19:51

　　为研究易混淆绵羊品种的种内多态性与遗传多样性,甄别滩羊、小尾寒羊和滩寒杂交羊,采用宏基因组学的方法,以混合羊肉样品(滩羊、小尾寒羊、滩寒杂交羊)为试验对象,通过高通量测序技术对混合样本全基因组进行测序。利用MISA查找拼接序列SSR位点,分析SSR序列特征并使用PRIMER3 Input(version 2.3.7)设计荧光标记引物,以多态性SSR分子标记分析滩羊、小尾寒羊、滩寒杂交羊群体遗传多样性。结果显示,SSR位点分布结果广泛,多态率为46%,平均PIC值为0.358,表明多态性水平处于中等水平。绵羊属3种羊肉以及混合羊肉样本分别聚为一类,呈单系性,STR峰图分型清晰,表明可实现3种绵羊的区分。成功建立了3种绵羊的SSR分子身份证。通过SSR序列多态性可对3种绵羊及其混合样本进行鉴定,为混合绵羊肉的基源鉴定提供新思路和技术指导,对绵羊全基因组工程研究,绵羊种属间的分子标记开发和种质资源鉴定保护具有一定参考价值。

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【部分图文】：

图1物种分布图

对3种绵羊肉品混合样本进行宏基因组物种多样性分析，如表1获得6.1GB有效序列，42211072条序列，该结果与单一品种绵羊测序结果5.0GB相比较大，表明该测序结果涵盖滩羊、小尾寒羊、滩寒杂交羊的部分基因。该测序结果中序列长度平均长度150bp,GC含量45.67%。....

图2SSR信息分布图

通过多态性检测，78122条有效序列均设计出SSR引物，随机挑选上述78122条序列中设计出的SSR引物100对（挑选标准：有效序列大小范围100～300bp，末端可修饰），有46对荧光标记引物（表2）在挑选的100对荧光引物中表现出多态性，有46对荧光标记引物（表2）在挑....

图3PIC值分布图

图2SSR信息分布图2.4扩增产物的聚类分析结果

图43种绵羊遗传距离

由软件MEGA5.1进行聚类分析，得到24个样本的系统进化图（图4）。分析表明，依据SSR扩增产物性状构建的聚类分析图，24个绵羊资源（24个样品）被分为4类，S11,S9,S7,S12,S8,S10等6份羊肉样本构成第1类，其余的18份被聚为第2类。在遗传距离0.53处，分为第....

本文编号：3923854