黑果枸杞果实发育过程中转录组测序分析

发布时间：2024-03-17 09:21

　　【目的】研究黑果枸杞果实在不同发育阶段基因表达谱的变化情况,为进一步开展黑果枸杞果实发育过程中的分子生物学研究提供基础资料。【方法】以黑果枸杞果实发育过程中青果期、变色期和成熟期的果实为材料,利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa进行转录组测序和数据de novo组装,并对得到的Unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。【结果】基于转录组测序数据得到N50值为1 743 bp及平均长度为1 262.65bp的黑果枸杞Unigene共有43 573条。在GO、KEGG、KOG、NR和SwissProt数据库上得到注释的Unigene总数为23 723条,占总Unigene的54.44%,有3 726条Unigene在这5个数据库中同时得以注释,但还有19 850个Unigene在这些数据库中没有得到注释。23 559条和17 212条Unigene分别在Nr和SwissProt数据库有同源比对信息。GO数据库中注释到的15 064个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类62个功能组。KOG数据库中注释到的13 128个Unigene功能系统分为...

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【部分图文】：

图1Unigene中NR,SwissProt,KOG,GO,KEGG注释交并集

由表3～4可看出，黑果枸杞果实转录组所得Unigene有23559个Unigene在NR数据库中得到注释。在NR数据库注释中与马铃薯Solanumtuberosum同源序列最多，为4586个，占注释Unigene的19.47%；与拟南芥Arabidopsisthalian....

本文编号：3930813