基于生物信息数据挖掘对卵巢浆液性癌差异表达基因筛选及分析

发布时间：2024-02-02 23:42

　　目的:利用生物信息学对卵巢浆液性癌的差异表达基因进行筛选及分析,探索浆液性卵巢癌的潜在治疗靶点。方法:从GEO数据库下载卵巢癌数据集GSE10971、GSE54388、GSE14407,用GEO2R筛选差异表达基因,DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,String数据库构建蛋白互作网络,同时利用Cytoscape获取关键基因,GEPIA数据库分析关键基因的表达情况,UCSC Xena对关键基因进行分层聚类分析,并通过cBioPortal分析关键基因的共表达网络。结果:筛选获得114个差异表达基因,包括41个下调基因及73个上调基因。主要涉及调整细胞周期、有丝分裂、染色体分离等细胞学过程,富集于细胞周期、p53信号通路、细胞衰老等信号通路。从差异表达基因筛选出49个关键基因,在卵巢癌中均呈高表达,其中21个基因的表达与卵巢癌分期相关,BIRC5基因的表达与卵巢癌患者的总生存期相关。结论:利用生物信息学对卵巢浆液性癌差异表达基因功能及信号通路的相关研究,为改善卵巢浆液性癌的预后提供了治疗靶点。

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【部分图文】：

图4关键基因在卵巢癌Ⅱ-Ⅳ期中的表达情况

图3BIRC5在卵巢癌中的表达情况及总体生存期曲线图5关键基因分层聚类分析

图5关键基因分层聚类分析

图4关键基因在卵巢癌Ⅱ-Ⅳ期中的表达情况本研究尚有局限性,所选取的数据集样本仅对是否为肿瘤组织进行区分,未对肿瘤分期做进一步分类,同时BIRC5的表达情况对卵巢癌或输卵管癌患者OS的影响有待于组织学验证。因此对OC患者不同分期的基因功能分析及OC中BIRC5功能的组织学验证是下....

图1PPI网络、关键基因及其共表达基因网络

在本研究中我们从GEO数据库筛选得到GSE10971,GSE54388,GSE14407三个数据集,组织样本类型为浆液性卵巢癌或输卵管癌对比正常卵巢或输卵管。通过GEO2R分析数据集,根据筛选标准得到114个DEGs。GO功能富集分析显示,BP主要集中在细胞周期负调节、有丝分裂、....

图2关键基因在卵巢癌中表达比较

表2卵巢癌样本DEGsKEGG通路富集分析Tab.2KEGGpathwayenrichmentanalysisofDEGsinovariancancersamplesTermDescriptionObservedgenecountPhsa04....

本文编号：3893340