基于转录组学的养殖密度影响斑节对虾品质的分子机制

发布时间：2024-03-20 20:26

　　采用高通量转录组测序和实时定量聚合酶链式反应(quantitative real time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术,在分子水平揭示养殖密度对斑节对虾肌肉品质形成的影响机制。选取养殖密度100尾/m²、300尾/m²的斑节对虾为实验材料,进行转录组测序和qRT-PCR验证。结果表明:所有样本Q20和Q30的最小值均大于90%,测序数据均满足生物信息学分析的要求;不同密度养殖条件下,斑节对虾的差异表达基因为778个;将差异基因序列与7个数据库进行比对,得到不同密度养殖的斑节对虾中与肌肉品质相关的差异基因分布在胶原蛋白代谢、蛋白水解、蛋白转运、细胞蛋白代谢、细胞骨架组织、肌肉连接及葡萄糖代谢途径;qRT-PCR验证结果与转录组测序结果一致。

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【部分图文】：

图1不同密度养殖的斑节对虾间基因差异表达分析火山图

以不同密度养殖的斑节对虾中基因Reads数之比为差异倍数，绘制火山图，可以直观显示Pval和log2（差异倍数）之间的关系，纵坐标为差异显著性，-lg(Pval）越大，差异越显著；P<0.05和|log2（差异倍数）|>1即为差异表达的基因。由图1可知，不同密度养殖的斑节对虾有7....

图2不同密度养殖的斑节对虾肌肉中与代谢途径相关的差异基因

2.4不同密度养殖的斑节对虾肌肉中与品质相关的差异基因不同密度养殖的斑节对虾的差异基因涉及蛋白质代谢、肌肉发育和生长、碳水化合物代谢途径。由图2可知，100尾/m2和300尾/m2密度养殖的斑节对虾肌肉中存在4个与胶原蛋白相关的差异基因，包括2个上调基因和2个下调基因。与蛋白水....

本文编号：3933256