黄姑鱼微卫星标记的开发与应用

发布时间：2024-02-02 14:27

　　黄姑鱼[Nibea albiflora(Richardson)]属鲈形目(Perciformes),石首鱼科(Sciaenidae),黄姑鱼属(Nibea),是我国近海重要经济鱼类。本文通过黄姑鱼转录组测序数据开发黄姑鱼的微卫星标记,并将所得的微卫星标记应用于3个黄姑鱼群体的遗传多样性分析。同时,利用微卫星标记对雌核发育一代和二代的纯合度进行分析。结果如下:1、利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到SSR位点12254个,其中单碱基重复约占42.70%,二碱基重复和三碱基重复分别约占32.11%和23.44%,四碱基、五碱基和六碱基重复仅分别约占1.60%、0.09%和0.06%。随机选出120个2⁶碱基重复SSR设计PCR引物,有78对引物可扩增获得目的条带。利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的39个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价,结果显示:从39个位点共检测到等位基因243个,平均等位基因数6.23个;平均有效等位基因3.630个;其中有26个位点表现出高多态性。2、选用黄姑鱼转录组测序数据开发的高多态性微卫星分子标记18个,对3...

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图2-1部分组织RNA提取电泳图

图2-1部分组织RNA提取电泳图.2-1ElectrophoresisoftotalRNAextractedfrompartialorganiz；4~6肾脏；7~9脾脏er;4~6Kidney;7~9Spleen标准的组织RNA样品进行补....

图2-2从黄姑鱼转录组数据中获得的微卫星位点数Fig.2-2MicrosatellitelocifromtranscriptomeofN.albiflora

图2-2从黄姑鱼转录组数据中获得的微卫星位点数Fig.2-2MicrosatellitelocifromtranscriptomeofN.albiflora基重复类型微卫星中，AC/GT基序为最主要的重复单元，共2其次是AG/CT，1024个（占26.....

图2-3微卫星引物YD-54、YD-13、YD-25在三个SOYD个体上扩增的电泳图

微卫星引物YD-54、YD-13、YD-25在三个SOYD个体上扩增ThePCRamplificationresultsofSSRprimersetsYD-54,YD-13aD-54；4~6YD-13；7~9YD-25-54;4~6YD-13....

图2-4部分位点在混合DNA中的扩增情况

图2-4部分位点在混合DNA中的扩增情况Fig.2-4ThePCRproductofsomemicrosatellitelociinmixedDNAYD-13；2YD-14；3YD-19；4YD-22；5YD-52；6YD-56；7YD-....

本文编号：3892814