基于扩增子数据的人结直肠肿瘤粪便和组织微生物meta分析研究

发布时间：2024-02-26 05:44

　　随着越来越多基于二代测序方法结直肠肿瘤粪便微生物组的研究的推进,越来越多的证据支持结直肠癌(CRC)发生发展与粪便微生物组紊乱之间的相关性。目前已有大量研究发现结直肠癌和腺瘤的粪便和病灶组织微生物紊乱,并鉴定出一些被证实具有致癌性的微生物分类群。然而,尚无研究大规模地对结直肠肿瘤病灶周边组织的微生物组进行统一表征。在本研究中,通过比较不同结直肠肿瘤生境的微生物组特征,重点研究结直肠肿瘤周边组织微生物特征。本研究一共检索到15项已公开研究的16S r RNA数据集,合计2099个样本。在经过统一标准的数据过滤和生物信息处理之后,将分类单元作为特征,利用差异丰富度分析、随机森林分类器、互作网络分析和肠型分析等方法,研究了结直肠癌、结直肠腺瘤(CRA)和健康对照组之间的不同生境微生物组的共性和差异。结果如下:(1)主坐标分析结果表明组织样品组间比粪便样品组间的重心分布距离更远,差异丰富分析表明不同的对比策略的差异分类群之间有不同程度的重叠,这些结果揭示不同肠道生境微生物组成的共性和差异。(2)微生物相互作用网络分析表明CRC和CRA的病灶组织和周边组织的微生物互作网络高度相关,证实了病灶周边...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2-116SrRNA数据过滤和识别百分率

华南理工大学硕士学位论文10图2-116SrRNA数据过滤和识别百分率2.3.4微生物识别软件的一致性比较各个队列的扩增子数据集主要来自IlluminaMiSeq和454测序平台。China_GBA是454测序平台中样本量最大的数据集（n=269），Baxter在Illumina....

图2-2Kraken2软件和Mothur软件对于属层面分类群识别的一致性

第二章数据检索与处理11图2-2Kraken2软件和Mothur软件对于属层面分类群识别的一致性图2-3China_GBA队列中基于kraken2和Mothur软件的分类群相对丰富度相关系数

图2-3ChinaGBA队列中基于kraken2和Mothur软件的分类群相对丰富度相关系数

第二章数据检索与处理11图2-2Kraken2软件和Mothur软件对于属层面分类群识别的一致性图2-3China_GBA队列中基于kraken2和Mothur软件的分类群相对丰富度相关系数

图2-4Baxter队列中基于kraken2和Mothur软件的分类群相对丰富度相关系数2.3.5稀释曲线

华南理工大学硕士学位论文12图2-4Baxter队列中基于kraken2和Mothur软件的分类群相对丰富度相关系数2.3.5稀释曲线如图2-5各个队列的稀释曲线所示，可以发现对于不同的数据集，虽然测序数据量有所差别，但最终检测出分类群数都能随抽样序列的增加而趋向于稳定，说明各个....

本文编号：3911420