三阴性乳腺癌预后相关长链非编码RNA的筛选及机制研究
发布时间：2024-03-05 17:49
目的:乳腺癌(breast cancer,BC)是全球女性最常见的恶性肿瘤之一,也是导致癌症死亡的第二大原因。三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)约占所有乳腺癌的15-20%,它是一类快速增殖、高度侵袭的乳腺癌亚型,易早期出现复发和转移,预后较差。由于TNBC在分子水平具有高度异质性,不同分子亚型的患者的预后具有显著差异。目前,TNBC仍缺乏特异性的生物标志物及治疗靶点,因此个体化治疗的选择及临床疗效有限。深入探讨TNBC进展的分子基础,寻找有效的预后标志物,对于改善TNBC的治疗现状,降低复发转移风险,延长生存时间具有重要意义。长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200个核苷酸,在结构上与mRNA相似,但又缺乏编码蛋白质功能的RNA。LncRNAs参与许多重要的生物学现象,如基因组印记、染色体构象形成以及酶活性的变构调节等。LncRNAs表达的特定模式可以协调细胞状态、分化和发育等。不断积累的证据显示lncRNA基因的过度表达、缺失或者突变与许多人类疾病密切相关。LncRNAs是一类...
【文章页数】：106 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略语
第一部分:YY1诱导的FOXD2-AS1通过miR1505p/ZEB1轴促进三阴性乳腺癌细胞侵袭转移
1 前言
2 材料与方法
2.1 主要试剂和仪器
2.1.1 主要试剂
2.1.2 仪器
2.2 实验方法
2.2.1 细胞培养
2.2.2 MTT法检测细胞的增殖活力
2.2.3 Transwell法检测细胞的迁移和侵袭能力
2.2.4 Jet PRIME介导si-FOXD2-AS1,miR1505p mimic及inhibitor瞬时转染
2.2.5 实时定量PCR(q RT-PCR)检测RNA水平变化
2.2.6 Western blot检测蛋白水平变化
2.2.7 RNA核浆分离实验检测FOXD2-AS1在TNBC细胞中的核浆分布
2.2.8 RNA结合蛋白免疫共沉降实验(RNA Immunoprecipitation)验证FOXD2-AS1与miR1505p的结合作用
2.2.9 构建FOXD2-AS1的野生型和突变型质粒
2.2.10 双荧光素酶报告基因实验验证FOXD2-AS1和miR1505p的直接结合
2.2.11 染色质免疫共沉淀(Ch IP)实验验证转录因子YY1与FOXD2-AS1基因启动子区的直接结合
2.2.12 统计学分析
2.2.13 利用乳腺癌GEO数据集筛选三阴性乳腺癌预后相关的目标lncRNA
2.2.14 针对FOXD2-AS1在不同实体肿瘤中作用的荟萃分析及系统评价
2.2.15 乳腺癌临床组织标本的收集处理及临床病理学信息的提取
3 实验结果
3.1 利用生物信息学方法筛选与乳腺癌预后相关的lncRNAs
3.2 FOXD2-AS1高表达与恶性肿瘤的不良预后显著相关
3.3 FOXD2-AS1的表达与恶性肿瘤临床病理学特征的关系
3.4 FOXD2-AS1与乳腺癌的不良预后显著相关
3.5 FOXD2-AS1的表达与乳腺癌临床病理学特征的关系
3.6 FOXD2-AS1在乳腺癌组织和细胞中表达升高
3.7 FOXD2-AS1促进TNBC细胞的侵袭转移
3.7.1 敲减FOXD2-AS1显著抑制TNBC细胞的迁移和侵袭
3.7.2 FOXD2-AS1促进TNBC细胞的上皮-间质转化(EMT)
3.8 FOXD2-AS1在TNBC细胞中能够吸附结合miR1505p
3.8.1 FOXD2-AS1在TNBC细胞中主要分布于细胞质
3.8.2 明确与FOXD2-AS1存在相互作用的miRNA
3.8.3 miR1505p在乳腺癌组织和细胞中的表达
3.8.4 TNBC细胞中FOXD2-AS1能够吸附结合miR1505p
3.9 miR1505p靶向TNBC细胞中的ZEB1
3.9.1 筛选miR1505p下游的靶基因
3.9.2 miR1505p靶向调控TNBC细胞中ZEB1及FOXD2-AS1的表达
3.10 miR1505p/ZEB1轴抑制TNBC细胞的迁移和侵袭
3.10.1 miR1505p通过靶向ZEB1抑制TNBC细胞的迁移和侵袭
3.10.2 在TNBC细胞中FOXD2-AS1促进ZEB1的表达
3.11 FOXD2-AS1通过miR1505p/ZEB1轴调控TNBC细胞迁移和侵袭
3.12 在TNBC细胞中YY1激活FOXD2-AS1的转录
3.12.1 筛选调控FOXD2-AS1转录的转录因子
3.12.2 YY1在TNBC细胞中促进FOXD2-AS1的转录
4 讨论
5 结论
第二部分:基于芯片重注释筛选并构建影响三阴性乳腺癌复发转移风险的 5-lncRNA预后模型
1 前言
2 材料与方法
2.1 三阴性乳腺癌数据集的筛选及预处理
2.1.1 GEO数据集的筛选与标准化
2.1.2 基于探针比对重注释基因表达谱数据
2.2 构建多个lncRNA分子特征的预后模型
2.2.1 COX比例风险回归分析筛选TNBC预后相关的lncRNAs
2.2.2 一千次rbsurv降维分析筛选TNBC预后相关的lncRNAs
2.2.3 多因素COX回归构建多个lncRNA分子特征的预后模型
2.3 KEGG通路富集分析
3 研究结果
3.1 利用COX比例风险回归分析筛选TNBC预后相关的lncRNAs
3.1.1 利用单因素COX分析筛选与TNBC患者RFS显著相关的lncRNAs
3.1.2 评估乳腺癌传统预后因素对TNBC患者RFS的影响
3.1.3 利用多因素COX分析进一步筛选与TNBC患者RFS显著相关的lncRNAs
3.1.4 一千次rbsurv降维分析筛选TNBC预后相关lncRNAs
3.2 利用多因素COX回归构建 5-lncRNA分子特征的TNBC预后模型
3.3 5-lncRNA分子特征在训练集中的ROC分析
3.4 基于 5-lncRNA分子特征的风险得分与临床病理特征的相关性
3.5 样本风险得分与功能通路的关系
3.6 TNBC验证集外部验证 5-lncRNA分子特征的预测作用
4 讨论
5 结论
本研究创新性的自我评价
参考文献
综述
参考文献
攻读学位期间取得的研究成果
致谢
个人简介
本文编号：3919825
【文章页数】：106 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略语
第一部分:YY1诱导的FOXD2-AS1通过miR1505p/ZEB1轴促进三阴性乳腺癌细胞侵袭转移
1 前言
2 材料与方法
2.1 主要试剂和仪器
2.1.1 主要试剂
2.1.2 仪器
2.2 实验方法
2.2.1 细胞培养
2.2.2 MTT法检测细胞的增殖活力
2.2.3 Transwell法检测细胞的迁移和侵袭能力
2.2.4 Jet PRIME介导si-FOXD2-AS1,miR1505p mimic及inhibitor瞬时转染
2.2.5 实时定量PCR(q RT-PCR)检测RNA水平变化
2.2.6 Western blot检测蛋白水平变化
2.2.7 RNA核浆分离实验检测FOXD2-AS1在TNBC细胞中的核浆分布
2.2.8 RNA结合蛋白免疫共沉降实验(RNA Immunoprecipitation)验证FOXD2-AS1与miR1505p的结合作用
2.2.9 构建FOXD2-AS1的野生型和突变型质粒
2.2.10 双荧光素酶报告基因实验验证FOXD2-AS1和miR1505p的直接结合
2.2.11 染色质免疫共沉淀(Ch IP)实验验证转录因子YY1与FOXD2-AS1基因启动子区的直接结合
2.2.12 统计学分析
2.2.13 利用乳腺癌GEO数据集筛选三阴性乳腺癌预后相关的目标lncRNA
2.2.14 针对FOXD2-AS1在不同实体肿瘤中作用的荟萃分析及系统评价
2.2.15 乳腺癌临床组织标本的收集处理及临床病理学信息的提取
3 实验结果
3.1 利用生物信息学方法筛选与乳腺癌预后相关的lncRNAs
3.2 FOXD2-AS1高表达与恶性肿瘤的不良预后显著相关
3.3 FOXD2-AS1的表达与恶性肿瘤临床病理学特征的关系
3.4 FOXD2-AS1与乳腺癌的不良预后显著相关
3.5 FOXD2-AS1的表达与乳腺癌临床病理学特征的关系
3.6 FOXD2-AS1在乳腺癌组织和细胞中表达升高
3.7 FOXD2-AS1促进TNBC细胞的侵袭转移
3.7.1 敲减FOXD2-AS1显著抑制TNBC细胞的迁移和侵袭
3.7.2 FOXD2-AS1促进TNBC细胞的上皮-间质转化(EMT)
3.8 FOXD2-AS1在TNBC细胞中能够吸附结合miR1505p
3.8.1 FOXD2-AS1在TNBC细胞中主要分布于细胞质
3.8.2 明确与FOXD2-AS1存在相互作用的miRNA
3.8.3 miR1505p在乳腺癌组织和细胞中的表达
3.8.4 TNBC细胞中FOXD2-AS1能够吸附结合miR1505p
3.9 miR1505p靶向TNBC细胞中的ZEB1
3.9.1 筛选miR1505p下游的靶基因
3.9.2 miR1505p靶向调控TNBC细胞中ZEB1及FOXD2-AS1的表达
3.10 miR1505p/ZEB1轴抑制TNBC细胞的迁移和侵袭
3.10.1 miR1505p通过靶向ZEB1抑制TNBC细胞的迁移和侵袭
3.10.2 在TNBC细胞中FOXD2-AS1促进ZEB1的表达
3.11 FOXD2-AS1通过miR1505p/ZEB1轴调控TNBC细胞迁移和侵袭
3.12 在TNBC细胞中YY1激活FOXD2-AS1的转录
3.12.1 筛选调控FOXD2-AS1转录的转录因子
3.12.2 YY1在TNBC细胞中促进FOXD2-AS1的转录
4 讨论
5 结论
第二部分:基于芯片重注释筛选并构建影响三阴性乳腺癌复发转移风险的 5-lncRNA预后模型
1 前言
2 材料与方法
2.1 三阴性乳腺癌数据集的筛选及预处理
2.1.1 GEO数据集的筛选与标准化
2.1.2 基于探针比对重注释基因表达谱数据
2.2 构建多个lncRNA分子特征的预后模型
2.2.1 COX比例风险回归分析筛选TNBC预后相关的lncRNAs
2.2.2 一千次rbsurv降维分析筛选TNBC预后相关的lncRNAs
2.2.3 多因素COX回归构建多个lncRNA分子特征的预后模型
2.3 KEGG通路富集分析
3 研究结果
3.1 利用COX比例风险回归分析筛选TNBC预后相关的lncRNAs
3.1.1 利用单因素COX分析筛选与TNBC患者RFS显著相关的lncRNAs
3.1.2 评估乳腺癌传统预后因素对TNBC患者RFS的影响
3.1.3 利用多因素COX分析进一步筛选与TNBC患者RFS显著相关的lncRNAs
3.1.4 一千次rbsurv降维分析筛选TNBC预后相关lncRNAs
3.2 利用多因素COX回归构建 5-lncRNA分子特征的TNBC预后模型
3.3 5-lncRNA分子特征在训练集中的ROC分析
3.4 基于 5-lncRNA分子特征的风险得分与临床病理特征的相关性
3.5 样本风险得分与功能通路的关系
3.6 TNBC验证集外部验证 5-lncRNA分子特征的预测作用
4 讨论
5 结论
本研究创新性的自我评价
参考文献
综述
参考文献
攻读学位期间取得的研究成果
致谢
个人简介
本文编号：3919825
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