内蒙古乌兰察布地区布鲁氏菌基因分型与体外药物敏感性研究
发布时间：2023-05-18 21:34
布病已成为乌兰察布地区严重的公共卫生问题,为揭示该地区布病高发的原因,提升布病防控诊疗效果。本研究对该地区的布病病原菌进行了分离,用三种方法对菌株进行了鉴定;用MLST调查了分离菌株的种群结构,用MLVA-16分型方法对菌株进行了基因分型,阐述菌株的基因分型特征及其流行病学关联,并对内蒙古羊种布鲁氏菌的传播模式进行了调查。同时,在体外进行了布鲁氏菌对10种常用药物敏感性的检测,对布鲁氏菌耐阿奇霉素和利福平的分子机制进行了初步检测,并对来自全国不同地区的149株羊种布鲁氏菌对利福平和复方新诺明的敏感性进行了筛查。1.本研究共分离布鲁氏菌116株,其中115株分离自人血,1株分离自羊脾;经3种方法鉴定全部为羊种布鲁氏菌,其中羊3型94株,羊1型22株;菌株分布于乌兰察布市境内的11个旗(县、市、区)及周边的内蒙古锡林郭勒盟、山西省大同市郊和河北省尚义县等地。初诊患者84例,构成比为73%;临床表现以疼痛、发热、乏力、多汗居多;77%(88/114)的患者就诊前无用药史,多于30%的患者存在误诊、误治。为该地区布病的防控和管理提供了全面系统的参考。2.本试验基于16Sr DNA基因对临床分离...
【文章页数】：140 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
abstract
缩略语表
1 引言
1.1 布病疫情形势
1.2 布病病原学
1.2.1 病原学特点
1.2.2 布鲁氏菌分离培养
1.2.3 病原检测的意义
1.3 流行病学
1.3.1 传染源
1.3.2 传播途径
1.3.3 易感动物
1.3.4 流行特点
1.4 布鲁氏菌致病性及生物学特征
1.5 布病的自然疫源性
1.6 布病血清学检测方法
1.6.1 平板凝集试验(PAT)
1.6.2 琥红平板凝集试验(RBPT)
1.6.3 试管凝集试验(SAT)
1.6.4 补体结合试验(CFT)
1.6.5 酶联免疫吸附试验(ELISA)
1.6.6 荧光偏振试验(FPA)
1.6.7 免疫胶体金技术(GICA)
1.7 布鲁氏菌分子分型方法
1.7.1 常规PCR鉴定
1.7.2 16Sr DNA鉴定
1.7.3 实时定量PCR(real-timePCR)
1.7.4 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)
1.7.5 单核苷酸多态性分析(SNP)
1.7.6 脉冲场凝胶电泳(PFGE)
1.7.7 多位点序列分型(MLST)
1.7.8 多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)
1.8 布鲁氏菌基因组提取方法学
1.9 基因组学研究进展
1.9.1 布鲁氏菌基因组构成
1.9.2 布鲁氏菌基因组特征
1.9.3 主要致病布鲁氏菌全基因组测序分析
1.9.4 非主要致病布鲁氏菌的全基因组测序分析
1.9.5 布鲁氏菌野毒株比较基因组学
1.9.6 布鲁氏菌疫苗株S19比较基因组学
1.9.7 布鲁氏菌进化基因组学
1.9.8 结语
1.10 布病的临床表现
1.10.1 人布病的临床表现
1.10.2 临床生理生化特征
1.10.3 布病的鉴别诊断
1.10.4 家畜布病的临床特征
1.11 布病的治疗及药物敏感性研究
1.12 布病的公共卫生及实验室生物安全
1.13 人畜间布病防控策略
1.13.1 人间布病防控措施
1.13.2 动物布病防控措施
1.14 选题目的和意义
2 研究一内蒙古乌兰察布布鲁氏菌分离株种型鉴定及流行病学特征分析
2.1 材料和方法
2.1.1 菌株来源
2.1.2 主要仪器与试剂
2.2 实验方法
2.2.1 布鲁氏菌分离培养
2.2.2 布鲁氏菌基因组DNA提取
2.2.3 布鲁氏菌常规鉴定
2.2.4 全自动细菌生化鉴定分析
2.2.5 AMOS-PCR鉴定
2.2.6 流行病学调查
2.3 结果
2.3.1 布鲁氏菌形态及染色结果
2.3.2 常规鉴定结果
2.3.3 全自动生化实验结果
2.3.4 AMOS-PCR鉴定结果
2.3.5 种型及地理分布
2.3.6 病例特征分析
2.3.6.1 性别、民族和职业分布
2.3.6.2 年龄分布
2.3.6.3 接触史和发病时间
2.3.7 临床表现
2.3.8 就诊前是否用药及用药情况
2.4 讨论
2.5 小结
3 研究二布鲁氏菌分离株16Sr DNA基因遗传进化分析
3.1 材料与方法
3.1.1 菌株来源
3.1.2 仪器与试剂
3.2 实验方法
3.2.1 引物设计与合成
3.2.2 16Sr DNA-PCR扩增
3.2.3 序列比对及进化树构建
3.2.4 人苍白杆菌的PCR鉴定
3.3 结果
3.3.1 布鲁氏菌16Sr DNA扩增结果
3.3.2 布鲁氏菌16Sr DNA测序比对结果
3.3.3 试验菌株16Sr DNA序列比对结果
3.3.4 人苍白杆菌与布鲁氏菌16Sr DNA序列相似性比对结果
3.3.5 人苍白杆菌的PCR鉴定
3.3.6 遗传进化树构建结果
3.4 讨论
3.5 小结
4 研究三内蒙古布鲁氏菌临床分离株多位点序列分型研究
4.1 材料与方法
4.1.1 菌株来源
4.1.2 仪器与试剂
4.2 实验方法
4.2.1 MLST位点选择及引物
4.2.2 PCR扩增及测序
4.2.3 数据分析
4.3 结果
4.3.1 MLST-PCR扩增结果
4.3.2 等位基因及ST型分析结果
4.3.3 内蒙古布病流行三阶段菌株与乌兰察布菌株ST的比较
4.3.4 最小生成树分析结果
4.4 讨论
4.5 小结
5 研究四内蒙古乌兰察布羊种布鲁氏菌MLVA基因分型研究
5.1 材料与方法
5.1.1 菌株来源
5.1.2 主要仪器与试剂
5.2 实验方法
5.2.1 MLVA-16引物
5.2.2 MLVA基因分型实验
5.3 实验结果
5.3.1 MLVA-16PCR扩增结果
5.3.2 试验菌株的MLVA-16特征值
5.3.3 MLVA数据分析
5.3.4 MLVA-16多态性指数分析结果
5.3.5 羊种布鲁氏菌MLVA-16聚类分析结果
5.3.6 羊种布鲁氏菌MLVA-11遗传进化分析
5.3.7 羊种布鲁氏菌基因型聚类分析结果
5.3.8 羊种布鲁氏菌溯源调查及临床相关性分析
5.3.9 羊种布鲁氏菌分子流行病学调查
5.4 讨论
5.5 小结
6 研究五内蒙古羊种布鲁氏菌传播模式调查
6.1 材料与方法
6.1.1 菌株来源
6.1.2 仪器与试剂
6.2 实验方法
6.2.1 AMOS-PCR扩增
6.2.2 MLVA基因分型实验
6.2.3 MLVA数据分析
6.3 结果
6.3.1 AMOS-PCR复核结果
6.3.2 MLVA聚类分析结果
6.4 讨论
6.5 小结
7 研究六羊种布鲁氏菌鉴别研究
7.1 材料与方法
7.1.1 菌株来源
7.1.2 主要仪器与试剂
7.2 方法
7.2.1 引物序列及产物片段
7.2.2 RpoB-PCR扩增及测序
7.2.3 Bru42-PCR扩增
7.3 结果
7.3.1 RpoB-PCR分析结果
7.3.2 Bru42-PCR扩增结果
7.4 讨论
7.5 小结
8 研究七临床分离布鲁氏菌体外药物敏感性分析
8.1 材料与方法
8.1.1 菌株来源
8.1.2 主要仪器与试剂
8.2 方法
8.2.1 药敏实验方法
8.2.2 耐药基因检测引物
8.2.3 利福平耐药基因检测
8.2.4 阿奇霉素耐药基因检测
8.2.5 测序结果分析
8.3 实验结果
8.3.1 药敏实验结果
8.3.2 耐药菌株K-B法检测结果
8.3.3 耐药基因检测结果
8.3.3.1 利福平耐药基因扩增结果
8.3.3.2 利福平耐药基因分析结果
8.3.3.3 阿奇霉素耐药基因扩增结果
8.3.3.4 阿奇霉素耐药基因分析结果
8.3.4 羊种布鲁氏菌对利福平和复方新诺明敏感性筛查结果
8.3.4.1 利福平和复方新诺明敏感性筛查结果
8.3.4.2 复方新诺明耐药布鲁氏菌的地区分布
8.4 讨论
8.5 小结
9 总体讨论
10 结论
11 创新点
致谢
参考文献
附录
作者简介
本文编号：3819035
【文章页数】：140 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
abstract
缩略语表
1 引言
1.1 布病疫情形势
1.2 布病病原学
1.2.1 病原学特点
1.2.2 布鲁氏菌分离培养
1.2.3 病原检测的意义
1.3 流行病学
1.3.1 传染源
1.3.2 传播途径
1.3.3 易感动物
1.3.4 流行特点
1.4 布鲁氏菌致病性及生物学特征
1.5 布病的自然疫源性
1.6 布病血清学检测方法
1.6.1 平板凝集试验(PAT)
1.6.2 琥红平板凝集试验(RBPT)
1.6.3 试管凝集试验(SAT)
1.6.4 补体结合试验(CFT)
1.6.5 酶联免疫吸附试验(ELISA)
1.6.6 荧光偏振试验(FPA)
1.6.7 免疫胶体金技术(GICA)
1.7 布鲁氏菌分子分型方法
1.7.1 常规PCR鉴定
1.7.2 16Sr DNA鉴定
1.7.3 实时定量PCR(real-timePCR)
1.7.4 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)
1.7.5 单核苷酸多态性分析(SNP)
1.7.6 脉冲场凝胶电泳(PFGE)
1.7.7 多位点序列分型(MLST)
1.7.8 多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)
1.8 布鲁氏菌基因组提取方法学
1.9 基因组学研究进展
1.9.1 布鲁氏菌基因组构成
1.9.2 布鲁氏菌基因组特征
1.9.3 主要致病布鲁氏菌全基因组测序分析
1.9.4 非主要致病布鲁氏菌的全基因组测序分析
1.9.5 布鲁氏菌野毒株比较基因组学
1.9.6 布鲁氏菌疫苗株S19比较基因组学
1.9.7 布鲁氏菌进化基因组学
1.9.8 结语
1.10 布病的临床表现
1.10.1 人布病的临床表现
1.10.2 临床生理生化特征
1.10.3 布病的鉴别诊断
1.10.4 家畜布病的临床特征
1.11 布病的治疗及药物敏感性研究
1.12 布病的公共卫生及实验室生物安全
1.13 人畜间布病防控策略
1.13.1 人间布病防控措施
1.13.2 动物布病防控措施
1.14 选题目的和意义
2 研究一内蒙古乌兰察布布鲁氏菌分离株种型鉴定及流行病学特征分析
2.1 材料和方法
2.1.1 菌株来源
2.1.2 主要仪器与试剂
2.2 实验方法
2.2.1 布鲁氏菌分离培养
2.2.2 布鲁氏菌基因组DNA提取
2.2.3 布鲁氏菌常规鉴定
2.2.4 全自动细菌生化鉴定分析
2.2.5 AMOS-PCR鉴定
2.2.6 流行病学调查
2.3 结果
2.3.1 布鲁氏菌形态及染色结果
2.3.2 常规鉴定结果
2.3.3 全自动生化实验结果
2.3.4 AMOS-PCR鉴定结果
2.3.5 种型及地理分布
2.3.6 病例特征分析
2.3.6.1 性别、民族和职业分布
2.3.6.2 年龄分布
2.3.6.3 接触史和发病时间
2.3.7 临床表现
2.3.8 就诊前是否用药及用药情况
2.4 讨论
2.5 小结
3 研究二布鲁氏菌分离株16Sr DNA基因遗传进化分析
3.1 材料与方法
3.1.1 菌株来源
3.1.2 仪器与试剂
3.2 实验方法
3.2.1 引物设计与合成
3.2.2 16Sr DNA-PCR扩增
3.2.3 序列比对及进化树构建
3.2.4 人苍白杆菌的PCR鉴定
3.3 结果
3.3.1 布鲁氏菌16Sr DNA扩增结果
3.3.2 布鲁氏菌16Sr DNA测序比对结果
3.3.3 试验菌株16Sr DNA序列比对结果
3.3.4 人苍白杆菌与布鲁氏菌16Sr DNA序列相似性比对结果
3.3.5 人苍白杆菌的PCR鉴定
3.3.6 遗传进化树构建结果
3.4 讨论
3.5 小结
4 研究三内蒙古布鲁氏菌临床分离株多位点序列分型研究
4.1 材料与方法
4.1.1 菌株来源
4.1.2 仪器与试剂
4.2 实验方法
4.2.1 MLST位点选择及引物
4.2.2 PCR扩增及测序
4.2.3 数据分析
4.3 结果
4.3.1 MLST-PCR扩增结果
4.3.2 等位基因及ST型分析结果
4.3.3 内蒙古布病流行三阶段菌株与乌兰察布菌株ST的比较
4.3.4 最小生成树分析结果
4.4 讨论
4.5 小结
5 研究四内蒙古乌兰察布羊种布鲁氏菌MLVA基因分型研究
5.1 材料与方法
5.1.1 菌株来源
5.1.2 主要仪器与试剂
5.2 实验方法
5.2.1 MLVA-16引物
5.2.2 MLVA基因分型实验
5.3 实验结果
5.3.1 MLVA-16PCR扩增结果
5.3.2 试验菌株的MLVA-16特征值
5.3.3 MLVA数据分析
5.3.4 MLVA-16多态性指数分析结果
5.3.5 羊种布鲁氏菌MLVA-16聚类分析结果
5.3.6 羊种布鲁氏菌MLVA-11遗传进化分析
5.3.7 羊种布鲁氏菌基因型聚类分析结果
5.3.8 羊种布鲁氏菌溯源调查及临床相关性分析
5.3.9 羊种布鲁氏菌分子流行病学调查
5.4 讨论
5.5 小结
6 研究五内蒙古羊种布鲁氏菌传播模式调查
6.1 材料与方法
6.1.1 菌株来源
6.1.2 仪器与试剂
6.2 实验方法
6.2.1 AMOS-PCR扩增
6.2.2 MLVA基因分型实验
6.2.3 MLVA数据分析
6.3 结果
6.3.1 AMOS-PCR复核结果
6.3.2 MLVA聚类分析结果
6.4 讨论
6.5 小结
7 研究六羊种布鲁氏菌鉴别研究
7.1 材料与方法
7.1.1 菌株来源
7.1.2 主要仪器与试剂
7.2 方法
7.2.1 引物序列及产物片段
7.2.2 RpoB-PCR扩增及测序
7.2.3 Bru42-PCR扩增
7.3 结果
7.3.1 RpoB-PCR分析结果
7.3.2 Bru42-PCR扩增结果
7.4 讨论
7.5 小结
8 研究七临床分离布鲁氏菌体外药物敏感性分析
8.1 材料与方法
8.1.1 菌株来源
8.1.2 主要仪器与试剂
8.2 方法
8.2.1 药敏实验方法
8.2.2 耐药基因检测引物
8.2.3 利福平耐药基因检测
8.2.4 阿奇霉素耐药基因检测
8.2.5 测序结果分析
8.3 实验结果
8.3.1 药敏实验结果
8.3.2 耐药菌株K-B法检测结果
8.3.3 耐药基因检测结果
8.3.3.1 利福平耐药基因扩增结果
8.3.3.2 利福平耐药基因分析结果
8.3.3.3 阿奇霉素耐药基因扩增结果
8.3.3.4 阿奇霉素耐药基因分析结果
8.3.4 羊种布鲁氏菌对利福平和复方新诺明敏感性筛查结果
8.3.4.1 利福平和复方新诺明敏感性筛查结果
8.3.4.2 复方新诺明耐药布鲁氏菌的地区分布
8.4 讨论
8.5 小结
9 总体讨论
10 结论
11 创新点
致谢
参考文献
附录
作者简介
本文编号：3819035
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