水貂源铜绿假单胞菌的遗传进化分析与比较基因组学研究
发布时间：2022-08-08 14:45
水貂出血性肺炎是由铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa,PA）引起的以出血性肺炎为特征的急性传染病。为阐明我国水貂源PA的流行病学、遗传进化、耐药性和基因组特点,本文对2007-2017年分离自患出血性肺炎水貂的107株PA和水貂养殖场土壤的8株PA菌株进行研究,获得如下结果。阐明了水貂出血性肺炎病原PA的生物学特性和致病特点。结果表明107株貂源PA血清型为G型86株,B型7株,I型3株,C型1株,D型1株,未分型9株,8株土壤PA分离株的血清型为G型4株,A型,E型,D型各1株,未分型1株;选取46株非同一次暴发菌株进行运动性、生物被膜和致病性研究,结果表明:PA的泳动阳性率为89%,群集运动阳性率为93%,抽动运动阳性率为26%;产生物被膜强的菌株为23株,中等强度菌株为22株,弱菌株为1株;45株菌可产生褐色或粉色色素;水貂的感染模型显示,除2株PA对小白鼠未致死外,44株分离株对小白鼠和水貂的LD50大小均分布在10~5 CFU-10~7 CFU之间。心、肝、脾、肺、肾等主要器官均有严重的病理变化,免疫组织化学观察发现PA在气管和肺...
【文章页数】：163 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
abstract
英文缩略表
第一章 引言
1.1 铜绿假单胞菌生物学特性
1.1.1 病原及致病特点
1.1.2 运动特点
1.2 水貂出血性肺炎流行病学研究
1.2.1 水貂出血性肺炎发病情况
1.2.2 流行特点
1.3 铜绿假单胞菌耐药性及耐药机制
1.3.1 动物源 PA 耐药性研究进展
1.3.2 耐药机制
1.4 铜绿假单胞菌毒力因子
1.4.1 定植因子
1.4.2 毒素
1.4.3 T6SS分泌系统和生物被膜
1.4.4 PA5155和ygfA基因功能
1.5 铜绿假单胞菌比较基因组学研究进展
1.5.1 比较基因组学
1.5.2 核心基因组进化
1.6 本研究的目的与意义
第二章 貂源铜绿假单胞菌生物学特性与致病性分析
2.1 材料和方法
2.1.1 实验动物与菌株
2.1.2 仪器试剂与测序
2.1.3 试剂配制
2.1.4 病料采集及细菌分离
2.1.5 细菌鉴定
2.1.6 血清分型
2.1.7 绿脓菌素生成检测
2.1.8 细菌运动能力检测
2.1.9 生物被膜形成能力检测
2.1.10 水貂感染模型的建立
2.1.11 LD_(50）测定
2.2 结果与分析
2.2.1 细菌分离和培养特性
2.2.2 分离菌株鉴定结果
2.2.3 分离菌血清分型结果
2.2.4 绿脓菌素
2.2.5 运动能力
2.2.6 生物被膜形成能力
2.2.7 水貂感染模型的建立
2.2.8 LD_(50）测定结果
2.3 讨论
第三章 水貂源铜绿假单胞菌的种群结构及遗传进化关系研究
3.1 材料和方法
3.1.1 菌株和试验动物
3.1.2 试剂和仪器
3.1.3 脉冲场凝胶电泳
3.1.4 多位点序列分型
3.1.5 菌株全基因组测序
3.2 结果与分析
3.2.1 脉冲场凝胶电泳结果分析
3.2.2 多位点序列分型结果分析
3.2.3 遗传进化关系分析
3.3 讨论
第四章 水貂源铜绿假单胞菌耐药性及耐药机制研究
4.1 材料和方法
4.1.1 菌株
4.1.2 主要试剂和仪器
4.1.3 最小抑菌浓度试验(MIC)
4.1.4 细菌总DNA的提取
4.1.5 磷霉素fosA3、fosA、fosC2 基因的PCR扩增
4.1.6 磷霉素glpt基因变异分析
4.1.7 喹诺酮类药物PMQR及 MBL基因的扩增
4.1.8 喹诺酮类药物QRDR区变异分析
4.1.9 重测序耐药基因检测
4.2 结果与分析
4.2.1 MIC结果
4.2.2 磷霉素耐药基因fosA、fosA3、fosC的扩增
4.2.3 磷霉素耐药基因glpt基因的序列分析
4.2.4 喹诺酮类药物耐药基因检测结果
4.2.5 重测序基因检测结果
4.3 讨论
第五章 貂源铜绿假单胞菌的全基因组序列注释及比较基因组学分析
5.1 材料与方法
5.1.1 菌株
5.1.2 菌株全基因组测序
5.1.3 基因组组分分析
5.1.4 基因功能注释
5.1.5 比较基因组分析
5.2 结果与分析
5.2.1 基因组基本分析
5.2.2 基因组功能分析
5.2.3 基因组功能注释分析
5.2.4 比较基因组分析
5.3 讨论
第六章 铜绿假单胞菌HY-3 PA5155和ygfA基因功能分析
6.1 材料与方法
6.1.1 细胞、菌株和质粒
6.1.2 主要试剂和仪器
6.1.3 引物设计
6.1.4 PA5155 基因和ygfA基因缺失株的构建
6.1.5 PA5155基因和ygfA基因缺失株的互补株构建
6.1.6 生长曲线的测定
6.1.7 小鼠LD50测定
6.1.8 生物被膜形成能力检测
6.1.9 貂肺上皮细胞黏附能力检测
6.1.10 运动性检测
6.1.11 耐药性检测
6.2 结果与分析
6.2.1 PA5155基因缺失株的构建及鉴定
6.2.2 ygfA基因缺失株的构建及鉴定
6.2.3 PA5155和ygfA基因互补株的构建及鉴定
6.2.4 生长曲线测定结果
6.2.5 小鼠LD50检测结果
6.2.6 生被被膜形成能力
6.2.7 对貂肺上皮细胞黏附能力
6.2.8 运动性
6.2.9 耐药性
6.3 讨论
第七章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]血清C型水貂绿脓杆菌的分离鉴定[J]. 丁国杰,杨朋欣,刘可姝,王彬,张春媛. 广东畜牧兽医科技. 2016(03)
[2]水貂绿脓杆菌分离鉴定及药物敏感性分析[J]. 孙娜,陈强,温永俊,杨勇,汪孟航,程世鹏. 中国畜牧兽医. 2015(10)
[3]威海地区水貂绿脓杆菌的血清型鉴定及药敏试验[J]. 葛爱民,姜八一,崔晓娜,刘新勃. 江苏农业科学. 2015(06)
[4]水貂出血性肺炎的病理组织学观察[J]. 芮萍,杨彩然,马增军,王小丹,王秋悦. 黑龙江畜牧兽医. 2015(05)
[5]山东规模化养殖场毛皮动物多重感染病原学分析[J]. 钟世勋,迟珊珊,王振,姜晓东,朱福杰,王迪,张永兵,朱瑞良. 中国兽医学报. 2014(11)
[6]水貂绿脓杆菌的分离与鉴定[J]. 马俊,张超,曲新泽,樊虓翀,林逢生. 中国动物传染病学报. 2014(01)
[7]水貂出血性肺炎流行病学调查及绿脓杆菌疫苗研究进展[J]. 白雪,柴秀丽,闫喜军. 现代农业科技. 2011(15)
[8]水貂绿脓杆菌分离株的生物学特性和血清型分析[J]. 白雪,柴秀丽,闫喜军,高晗,张海玲,赵建军,张蕾,邵西群,罗国良,王长凤. 畜牧与兽医. 2011(07)
[9]铜绿假单胞菌对环丙沙星的抗药性和耐药性机制研究[J]. 高超,胡明,白华,齐静,朱小玲,刘昌彬,单虎,秦晓冰,刘玉庆,高培基. 山东大学学报(医学版). 2011(06)
[10]铜绿假单胞菌popN-突变子Ⅲ型分泌水平及与蛋白酶关系的研究[J]. 杨洪江,魏东盛,李明春,邢来君. 生物工程学报. 2007(05)
博士论文
[1]基层医疗机构大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌氟喹诺酮耐药分子流行及遗传特征研究[D]. 赵丽娜.浙江大学 2015
[2]铜绿假单胞菌MLST分型及耐药机制研究[D]. 季京淑.浙江大学 2015
[3]铜绿假单胞菌中Ⅲ型分泌系统转录调控机制的研究[D]. 孔伟娜.西北大学 2013
[4]烧伤病房耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌耐药机制及分子流行病学研究[D]. 张若文.吉林大学 2012
[5]铜绿假单胞菌耐喹诺酮类药物的分子机制研究[D]. 李学如.四川大学 2003
硕士论文
[1]耐药性fosA3基因在猪源大肠杆菌中流行特点及传播机制研究[D]. 董志民.吉林农业大学 2016
[2]水貂主要细菌性肺炎的流行病学调查[D]. 姜常青.山东农业大学 2016
[3]北京地区实验动物中绿脓杆菌耐药分析及PFGE和MLVA分型方法比较[D]. 邢进.中国人民解放军军事医学科学院 2012
[4]羊绿脓杆菌病流行病学调查及防治技术的研究[D]. 王淑娟.山东农业大学 2004
本文编号：3671702
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【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
abstract
英文缩略表
第一章 引言
1.1 铜绿假单胞菌生物学特性
1.1.1 病原及致病特点
1.1.2 运动特点
1.2 水貂出血性肺炎流行病学研究
1.2.1 水貂出血性肺炎发病情况
1.2.2 流行特点
1.3 铜绿假单胞菌耐药性及耐药机制
1.3.1 动物源 PA 耐药性研究进展
1.3.2 耐药机制
1.4 铜绿假单胞菌毒力因子
1.4.1 定植因子
1.4.2 毒素
1.4.3 T6SS分泌系统和生物被膜
1.4.4 PA5155和ygfA基因功能
1.5 铜绿假单胞菌比较基因组学研究进展
1.5.1 比较基因组学
1.5.2 核心基因组进化
1.6 本研究的目的与意义
第二章 貂源铜绿假单胞菌生物学特性与致病性分析
2.1 材料和方法
2.1.1 实验动物与菌株
2.1.2 仪器试剂与测序
2.1.3 试剂配制
2.1.4 病料采集及细菌分离
2.1.5 细菌鉴定
2.1.6 血清分型
2.1.7 绿脓菌素生成检测
2.1.8 细菌运动能力检测
2.1.9 生物被膜形成能力检测
2.1.10 水貂感染模型的建立
2.1.11 LD_(50）测定
2.2 结果与分析
2.2.1 细菌分离和培养特性
2.2.2 分离菌株鉴定结果
2.2.3 分离菌血清分型结果
2.2.4 绿脓菌素
2.2.5 运动能力
2.2.6 生物被膜形成能力
2.2.7 水貂感染模型的建立
2.2.8 LD_(50）测定结果
2.3 讨论
第三章 水貂源铜绿假单胞菌的种群结构及遗传进化关系研究
3.1 材料和方法
3.1.1 菌株和试验动物
3.1.2 试剂和仪器
3.1.3 脉冲场凝胶电泳
3.1.4 多位点序列分型
3.1.5 菌株全基因组测序
3.2 结果与分析
3.2.1 脉冲场凝胶电泳结果分析
3.2.2 多位点序列分型结果分析
3.2.3 遗传进化关系分析
3.3 讨论
第四章 水貂源铜绿假单胞菌耐药性及耐药机制研究
4.1 材料和方法
4.1.1 菌株
4.1.2 主要试剂和仪器
4.1.3 最小抑菌浓度试验(MIC)
4.1.4 细菌总DNA的提取
4.1.5 磷霉素fosA3、fosA、fosC2 基因的PCR扩增
4.1.6 磷霉素glpt基因变异分析
4.1.7 喹诺酮类药物PMQR及 MBL基因的扩增
4.1.8 喹诺酮类药物QRDR区变异分析
4.1.9 重测序耐药基因检测
4.2 结果与分析
4.2.1 MIC结果
4.2.2 磷霉素耐药基因fosA、fosA3、fosC的扩增
4.2.3 磷霉素耐药基因glpt基因的序列分析
4.2.4 喹诺酮类药物耐药基因检测结果
4.2.5 重测序基因检测结果
4.3 讨论
第五章 貂源铜绿假单胞菌的全基因组序列注释及比较基因组学分析
5.1 材料与方法
5.1.1 菌株
5.1.2 菌株全基因组测序
5.1.3 基因组组分分析
5.1.4 基因功能注释
5.1.5 比较基因组分析
5.2 结果与分析
5.2.1 基因组基本分析
5.2.2 基因组功能分析
5.2.3 基因组功能注释分析
5.2.4 比较基因组分析
5.3 讨论
第六章 铜绿假单胞菌HY-3 PA5155和ygfA基因功能分析
6.1 材料与方法
6.1.1 细胞、菌株和质粒
6.1.2 主要试剂和仪器
6.1.3 引物设计
6.1.4 PA5155 基因和ygfA基因缺失株的构建
6.1.5 PA5155基因和ygfA基因缺失株的互补株构建
6.1.6 生长曲线的测定
6.1.7 小鼠LD50测定
6.1.8 生物被膜形成能力检测
6.1.9 貂肺上皮细胞黏附能力检测
6.1.10 运动性检测
6.1.11 耐药性检测
6.2 结果与分析
6.2.1 PA5155基因缺失株的构建及鉴定
6.2.2 ygfA基因缺失株的构建及鉴定
6.2.3 PA5155和ygfA基因互补株的构建及鉴定
6.2.4 生长曲线测定结果
6.2.5 小鼠LD50检测结果
6.2.6 生被被膜形成能力
6.2.7 对貂肺上皮细胞黏附能力
6.2.8 运动性
6.2.9 耐药性
6.3 讨论
第七章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]血清C型水貂绿脓杆菌的分离鉴定[J]. 丁国杰,杨朋欣,刘可姝,王彬,张春媛. 广东畜牧兽医科技. 2016(03)
[2]水貂绿脓杆菌分离鉴定及药物敏感性分析[J]. 孙娜,陈强,温永俊,杨勇,汪孟航,程世鹏. 中国畜牧兽医. 2015(10)
[3]威海地区水貂绿脓杆菌的血清型鉴定及药敏试验[J]. 葛爱民,姜八一,崔晓娜,刘新勃. 江苏农业科学. 2015(06)
[4]水貂出血性肺炎的病理组织学观察[J]. 芮萍,杨彩然,马增军,王小丹,王秋悦. 黑龙江畜牧兽医. 2015(05)
[5]山东规模化养殖场毛皮动物多重感染病原学分析[J]. 钟世勋,迟珊珊,王振,姜晓东,朱福杰,王迪,张永兵,朱瑞良. 中国兽医学报. 2014(11)
[6]水貂绿脓杆菌的分离与鉴定[J]. 马俊,张超,曲新泽,樊虓翀,林逢生. 中国动物传染病学报. 2014(01)
[7]水貂出血性肺炎流行病学调查及绿脓杆菌疫苗研究进展[J]. 白雪,柴秀丽,闫喜军. 现代农业科技. 2011(15)
[8]水貂绿脓杆菌分离株的生物学特性和血清型分析[J]. 白雪,柴秀丽,闫喜军,高晗,张海玲,赵建军,张蕾,邵西群,罗国良,王长凤. 畜牧与兽医. 2011(07)
[9]铜绿假单胞菌对环丙沙星的抗药性和耐药性机制研究[J]. 高超,胡明,白华,齐静,朱小玲,刘昌彬,单虎,秦晓冰,刘玉庆,高培基. 山东大学学报(医学版). 2011(06)
[10]铜绿假单胞菌popN-突变子Ⅲ型分泌水平及与蛋白酶关系的研究[J]. 杨洪江,魏东盛,李明春,邢来君. 生物工程学报. 2007(05)
博士论文
[1]基层医疗机构大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌氟喹诺酮耐药分子流行及遗传特征研究[D]. 赵丽娜.浙江大学 2015
[2]铜绿假单胞菌MLST分型及耐药机制研究[D]. 季京淑.浙江大学 2015
[3]铜绿假单胞菌中Ⅲ型分泌系统转录调控机制的研究[D]. 孔伟娜.西北大学 2013
[4]烧伤病房耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌耐药机制及分子流行病学研究[D]. 张若文.吉林大学 2012
[5]铜绿假单胞菌耐喹诺酮类药物的分子机制研究[D]. 李学如.四川大学 2003
硕士论文
[1]耐药性fosA3基因在猪源大肠杆菌中流行特点及传播机制研究[D]. 董志民.吉林农业大学 2016
[2]水貂主要细菌性肺炎的流行病学调查[D]. 姜常青.山东农业大学 2016
[3]北京地区实验动物中绿脓杆菌耐药分析及PFGE和MLVA分型方法比较[D]. 邢进.中国人民解放军军事医学科学院 2012
[4]羊绿脓杆菌病流行病学调查及防治技术的研究[D]. 王淑娟.山东农业大学 2004
本文编号：3671702
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