鳙群体遗传与生长性状评估及早期发育转录组分析
发布时间：2021-11-08 18:06
鳙（Hypophthamichthys nobilis）是我国江、河、湖、库等大水面水体中特有的半洄游性鱼类,为典型的滤食性鱼类,是我国传统淡水养殖对象,具有悠久的养殖历史。本研究收集了9个鳙群体,分别来自包括4个国家级原种场鳙群体（湖北石首、湖南长沙、江西瑞昌和江苏邗江）、2个省级良种场亲本群体（江苏漕湖和广西玉林）和3个长江江段捕捞群体（镇江、张家港和常熟）,利用分子标记技术,结合群体遗传学、分子遗传学、数量遗传学和转录组学,从遗传变异分析、遗传参数估计、选育效果评估和早期生长发育转录组分析等方面开展研究,根据研究结果,构建选育基础群体,并开展不同杂交组合子代的遗传评估,获得优质杂交组合,同时结合转录组分析结果,制定鳙遗传改良技术方案。具体结果如下:1.鳙群体的遗传变异分析利用mt DNA D-Loop区序列,对鳙群体开展遗传变异分析。在共计401条D-loop序列（939bp）中共检测到37个变异位点（不含插入/缺失变异）,42个单倍型,单倍型多样性（Hd）介于0.665—0.905。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.0034—0.0068,结合遗传聚类分析,发现长江下游捕...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：117 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
鳙9个群体的采样地点Fig.2-1Samplingsitesof9bigheadcarppopulations
鳙群体遗传与生长性状评估及早期发育转录组分析23表2-5.鳙群体间的K2P遗传距离（对角线下）和遗传分化指数（FST,对角线上）Tab.2-5K2Pgeneticdistances(belowdiagonal)andfixtionindexes(FST,abovediagonal)among10bigheadcarppopulationsSSCSRCHJCHZHJZJGCSUYLUSASS-0.0329*0.1022**0.0282*0.02360.0814*0.0802*0.0318*0.03100.1074*CS0.0064-0.1009**0.02040.0466*0.0774*0.0656**0.0119-0.01510.0451RC0.00570.0051-0.0561**0.0882**0.0398**0.0224*0.0724**0.1071**0.2267**HJ0.00610.00550.0046-0.01430.0499*0.0311*0.0312*0.02050.1339**CH0.00610.00570.00470.0053-0.02180.03060.0415*0.0416**0.1863**ZHJ0.00560.00500.00340.00450.0046--0.00450.0422*0.0868**0.2634**ZJG0.00590.00520.00370.00480.00490.0037-0.0369**0.0744**0.2244**CSU0.00630.00560.00480.00550.00560.00470.0049-0.01840.1285**YL0.00630.00540.00500.00540.00560.00500.00510.0055-0.0688*USA0.00680.00580.00590.00620.00640.00600.00610.00630.0058-注：群体标示如前表；*表示统计学显著水平（P<0.05）；**表示统计学极显著水平（P<0.01）。基于群体间的遗传距离构建NJ树，长江下游捕捞群体与中下游原种场群体的遗传距离较近，而石首和美国群体均与其它群体的遗传距离较远；其中，珠江流域玉林群体与长江流域长沙群体遗传距离相对较近，如图2-2。图2-2.鳙10个群体基于D-loop序列变异的K2P遗传距离的NJ聚类树Fig.2-2NJtreebasedonmtDNAD-Loopregionsequencesof10bigheadcarppopulations
鳙群体遗传与生长性状评估及早期发育转录组分析25图2-3.鳙基于D-loop序列变异的群体间遗传分化指数Fig.2-3Interpopulationgeneticdifferentiationindexofd-loopsequencevariationinbigheadcarp2.1.2.4单倍型网络结构根据单倍型分布网络结构图（图2-4），根据单倍型的进化和分布情况，发现2个分支共有6个优势单倍型（hap1，hap2，hap5，hap14，hap15，hap20），而这6个优势单倍型在5个群体中（长沙、漕湖、镇江、张家港、常熟）均有分布。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于SSR标记的长江下游原良种场鳙亲本和后备亲本种质资源现状分析[J]. 冯晓婷,张桂宁,薛向平,王邢燕,周彦锋,方弟安,徐东坡. 中国水产科学. 2020(05)
[2]上海市江心水库鲢、鳙年龄结构及生长特性[J]. 魏宪芸,顾静,张名全,秦智杰,迪丽娜尔·艾尼瓦尔,龚小玲. 上海海洋大学学报. 2019(01)
[3]虹鳟生长性状的随机回归分析[J]. 王悦玲,谷伟,王炳谦,蒋丽,杨润清. 中国水产科学. 2018(06)
[4]山东半岛南部三疣梭子蟹增殖放流群体贡献率[J]. 赵国庆,邱盛尧,张玉钦,李楚禹,李登来. 水产科学. 2018(05)
[5]6个野生与选育鲤群体的微卫星遗传分析[J]. 董在杰,刘念,傅建军,朱文彬,王兰梅,苏胜彦. 南方水产科学. 2018(04)
[6]鳙基于10个微卫星标记的亲子鉴定分析[J]. 张丹,傅建军,张利德,方敏,朱文彬,王兰梅,苏胜彦,董在杰. 基因组学与应用生物学. 2019(07)
[7]草鱼生长性状的遗传参数和育种值估计[J]. 姜鹏,韩林强,白俊杰,樊佳佳,陈柏湘,胡重江,周春龙,李胜杰. 中国水产科学. 2018(01)
[8]不同养殖模式建鲤家系选育F3代生长性能比较分析[J]. 廖愚,王培培,袁宗伟,杨宾兰,郑海涛,卢飞麟,吕业坚,覃俊奇. 西南农业学报. 2017(12)
[9]长江靖江段沿岸似鳊生长及种群参数估算[J]. 郭弘艺,魏凯,唐文乔,张旭光,周天舒,刘东,李辉华,沈林宏. 长江流域资源与环境. 2017(09)
[10]三峡水库正常运行期间四大家鱼的时空分布特征[J]. 杨志,龚云,董纯,乔晔,陈小娟,唐会元. 水生态学杂志. 2017(05)
博士论文
[1]通关藤遗传多样性及转录组研究[D]. 郑开颜.南京农业大学 2014
[2]鲢、鳙鱼遗传连锁图谱构建和鳙鱼蛋白感染因子基因的克隆[D]. 廖梅杰.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]洞头海域大黄鱼增殖放流及其效果初步评价[D]. 马晓林.浙江海洋大学 2016
[2]基于分子标记的三疣梭子蟹和中国对虾增殖放流效果研究[D]. 蔡珊珊.中国海洋大学 2015
[3]草鱼微卫星标记开发及9个养殖群体遗传多样性分析[D]. 李达.上海海洋大学 2014
[4]鄱阳湖水系青鱼、草鱼、鲢、鳙形态度量学分析[D]. 张希.南昌大学 2011
本文编号：3483969
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：117 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
鳙9个群体的采样地点Fig.2-1Samplingsitesof9bigheadcarppopulations
鳙群体遗传与生长性状评估及早期发育转录组分析23表2-5.鳙群体间的K2P遗传距离（对角线下）和遗传分化指数（FST,对角线上）Tab.2-5K2Pgeneticdistances(belowdiagonal)andfixtionindexes(FST,abovediagonal)among10bigheadcarppopulationsSSCSRCHJCHZHJZJGCSUYLUSASS-0.0329*0.1022**0.0282*0.02360.0814*0.0802*0.0318*0.03100.1074*CS0.0064-0.1009**0.02040.0466*0.0774*0.0656**0.0119-0.01510.0451RC0.00570.0051-0.0561**0.0882**0.0398**0.0224*0.0724**0.1071**0.2267**HJ0.00610.00550.0046-0.01430.0499*0.0311*0.0312*0.02050.1339**CH0.00610.00570.00470.0053-0.02180.03060.0415*0.0416**0.1863**ZHJ0.00560.00500.00340.00450.0046--0.00450.0422*0.0868**0.2634**ZJG0.00590.00520.00370.00480.00490.0037-0.0369**0.0744**0.2244**CSU0.00630.00560.00480.00550.00560.00470.0049-0.01840.1285**YL0.00630.00540.00500.00540.00560.00500.00510.0055-0.0688*USA0.00680.00580.00590.00620.00640.00600.00610.00630.0058-注：群体标示如前表；*表示统计学显著水平（P<0.05）；**表示统计学极显著水平（P<0.01）。基于群体间的遗传距离构建NJ树，长江下游捕捞群体与中下游原种场群体的遗传距离较近，而石首和美国群体均与其它群体的遗传距离较远；其中，珠江流域玉林群体与长江流域长沙群体遗传距离相对较近，如图2-2。图2-2.鳙10个群体基于D-loop序列变异的K2P遗传距离的NJ聚类树Fig.2-2NJtreebasedonmtDNAD-Loopregionsequencesof10bigheadcarppopulations
鳙群体遗传与生长性状评估及早期发育转录组分析25图2-3.鳙基于D-loop序列变异的群体间遗传分化指数Fig.2-3Interpopulationgeneticdifferentiationindexofd-loopsequencevariationinbigheadcarp2.1.2.4单倍型网络结构根据单倍型分布网络结构图（图2-4），根据单倍型的进化和分布情况，发现2个分支共有6个优势单倍型（hap1，hap2，hap5，hap14，hap15，hap20），而这6个优势单倍型在5个群体中（长沙、漕湖、镇江、张家港、常熟）均有分布。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于SSR标记的长江下游原良种场鳙亲本和后备亲本种质资源现状分析[J]. 冯晓婷,张桂宁,薛向平,王邢燕,周彦锋,方弟安,徐东坡. 中国水产科学. 2020(05)
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[6]鳙基于10个微卫星标记的亲子鉴定分析[J]. 张丹,傅建军,张利德,方敏,朱文彬,王兰梅,苏胜彦,董在杰. 基因组学与应用生物学. 2019(07)
[7]草鱼生长性状的遗传参数和育种值估计[J]. 姜鹏,韩林强,白俊杰,樊佳佳,陈柏湘,胡重江,周春龙,李胜杰. 中国水产科学. 2018(01)
[8]不同养殖模式建鲤家系选育F3代生长性能比较分析[J]. 廖愚,王培培,袁宗伟,杨宾兰,郑海涛,卢飞麟,吕业坚,覃俊奇. 西南农业学报. 2017(12)
[9]长江靖江段沿岸似鳊生长及种群参数估算[J]. 郭弘艺,魏凯,唐文乔,张旭光,周天舒,刘东,李辉华,沈林宏. 长江流域资源与环境. 2017(09)
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博士论文
[1]通关藤遗传多样性及转录组研究[D]. 郑开颜.南京农业大学 2014
[2]鲢、鳙鱼遗传连锁图谱构建和鳙鱼蛋白感染因子基因的克隆[D]. 廖梅杰.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]洞头海域大黄鱼增殖放流及其效果初步评价[D]. 马晓林.浙江海洋大学 2016
[2]基于分子标记的三疣梭子蟹和中国对虾增殖放流效果研究[D]. 蔡珊珊.中国海洋大学 2015
[3]草鱼微卫星标记开发及9个养殖群体遗传多样性分析[D]. 李达.上海海洋大学 2014
[4]鄱阳湖水系青鱼、草鱼、鲢、鳙形态度量学分析[D]. 张希.南昌大学 2011
本文编号：3483969
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