茜素红诱导下偏肿革裥菌SSH-cDNA文库构建与差异表达基因筛选

发布时间：2024-03-16 05:30

　　为了探索白腐菌偏肿革裥菌降解染料茜素红过程中的生理机制和差异表达基因,在LNAS培养基上培养菌株,以添加茜素红为处理组,加入无菌水为对照组,采用抑制性消减杂交方法构建了在染料降解过程中的差异基因cDNA文库。经过2次差减杂交后所得的阳性克隆,除去重复序列后得到75个独立基因的ESTs序列,即为差异基因的SSH-cDNA文库。文库中显著表达的差异基因主要有编码谷氨酰胺合成酶、热激蛋白70、ɑ,β-水解酶、脯氨酰氨肽酶-2、MFS普通基质转运蛋白、钙网结构域蛋白、20S蛋白酶体亚基α型3、3-脱氧-7-磷酸庚酮糖合酶、醛酮还原酶、脂肪酸2-羟化酶、辅酶Ⅰ黄素氧化还原酶、细胞色素P450等基因,这些差异基因及其产物参加了茜素红的氧化降解反应、糖类和蛋白质的降解作用、应激反应和信号转导途径。此研究结果可为进一步筛选偏肿革裥菌中与染料降解性状相关的基因奠定基础。

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【部分图文】：

图4主要差异表达基因GO功能分类表达谱

差异表达的基因及其产物:对SSH-cDNA文库的基因进行功能注释与BLASTx比对,从中筛选到46个差异表达的已知功能的基因(表2),这些筛选出来的基因包括参与氧化还原过程的相关基因、水解酶基因、转移酶基因、水合酶基因、合成酶与连接酶基因,还有编码热激蛋白、核糖体蛋白、翻译延伸因....

图5高同源性基因种类分布

ESTs基因产物高同源性担子菌分析:运用Blast2GO软件对茜素红脱色过程中的差异表达基因氨基酸序列进行高同源性比较,结果表明,偏肿革裥菌SSH-cDNA文库的氨基酸序列主要与如下几种担子菌的氨基酸序列具有高同源性。同源性由高到低依次为云芝栓菌(Trametesversico....

图3阳性克隆菌液PCR验证结果电泳图

对所得的阳性克隆白色单菌落,随机挑出72个克隆进行扩繁,所得菌液用第2次PCR的巢式引物对NestedPCRPrimer1和2R进行PCR扩增与验证,检测插入片段的长度,产物经凝胶电泳检测后的结果见图3,可以看出大部分插入片段分布在0.25～0.75kb,插入的片段多为单....

图1总RNA和磁珠纯化后的mRNA电泳图

RNA的电泳检测结果见图1-a,28S和18S亮度比约为1.5∶1～2.0∶1,并可看到模糊的5S条带,表明提取的RNA质量完整,未发生降解。经测定,处理组和对照组总RNA的OD260/OD280分别为1.97和1.93,质量浓度为2530μg/mL和2316μg/mL,....

本文编号：3929185