基于高通量靶向测序的大鼠遗传质量检测方案建立

发布时间：2024-02-15 19:02

　　目的:将高通量靶向测序运用于实验动物DNA单核苷酸多态性检测,为监测大鼠遗传质量与品系鉴定提供一种新的方法。方法:利用多重PCR技术,以不同品系大鼠为研究对象,选取了21条染色体上的90个单核苷酸多态性(SNP)位点,构建扩增子文库,并通过二代测序仪进行高通量测序,以生物信息学手段分析SNP位点状态。结果:对SHR、WKY、GK、F344共4个近交系及SD封闭群大鼠进行SNP分型,不仅能够检测出近交系大鼠纯合子的情况,还能很好的区分出不同品系的大鼠。结论:本实验建立了一条高通量测序管道,实现了常见近交系大鼠快速、高通量的基因分型,可用于遗传质量检测和品系鉴定。

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【部分图文】：

图1所选取SNP位点在大鼠基因组上的分布

DNA提取采用TianGEN（天根生化科技有限公司）组织基因组抽提试剂盒，操作步骤依说明书进行。吸取1mL抽提好的DNA，在0.8%琼脂糖凝胶电泳中检测其浓度，然后将所有的DNA样本标化到浓度为30ng/mL,-20℃储存备用。1.5引物设计

图2两步法Hi-SNP建库流程

所有的测序数据用FASTX-Toolkit[8]根据每一条序列的索引序列分配到不同的样本中，再将索引序列和接头序列用Cutadapt[9]软件去除。所得到的干净序列使用bwa[10]软件和参考基因组比对得到sam格式的文件。所得的sam格式文件通过samtools[11]软件得到....

图3测序数据分析流程

图2两步法Hi-SNP建库流程2结果与讨论

图4大鼠扩增子测序深度

随后，每个扩增子深度对平均深度进行了归一化，如此则可直接观察到平均测序深度对每个扩增子的影响，即可评价总体均一度。从图5可以看出，大部分的数据分布于平均深度的10倍范围以内，有较高的总体均一度，从而使总体测序量得以降低。图5扩增子相对深度累计曲线

本文编号：3900191