基于混合序列复杂度方法的蛋白质无序区域预测模型构建

发布时间：2024-02-14 20:21

　　生物体依靠蛋白质行使各式各样的生物学功能,蛋白质科学研究向来都是生物学研究的核心领域之一。传统的蛋白质科学研究遵循“序列-结构-功能”的研究范式,即氨基酸序列决定其三维结构,三维结构决定其生物学功能。然而,自上世纪90年代人们开始零星地发现,某些蛋白质不具备稳定的三维结构,但依然能参与特定的生物学过程。随着时间的推移,研究者发现了更多的此类蛋白,逐渐形成了一类与传统蛋白质不同的无序蛋白(Intrinsically Disordered Protein,IDP)。IDP在整体或者部分上包含无法形成稳定三维结构的氨基酸残基片段,称为无序区域(Intrinsically Disordered Region,IDR)。过去的二十年,IDR被报道在细胞信号转导、蛋白质磷酸化、染色质结构重塑、超级增强子(Super Enhancer,SE)等众多生物学过程中发挥关键作用。更重要的是,近两年的前沿研究表明,参与生物学过程的蛋白通过IDR形成液滴冷凝物而最终形成液液相分离现象,而液液相分离被报道与某些神经退行性疾病的联系极为密切。例如,FUS蛋白和hn RNPA1蛋白的IDR在肌萎缩侧索硬化疾病中参与...

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【部分图文】：

图1谷歌学术中近20年来发表的无序蛋白或无序区域论文数量Fig.1NumberofdisorderedproteinordisorderedregionpaperspublishedinGoogleScholar

0多种IDP。目前，常见研究IDP方面的数据库除了DisProt系列之外，还有MobIDB3.0（Damianoetal2017）。前者主要注释文献中的蛋白质的IDR，后者主要是在IDR、蛋白质构象多样性和蛋白质相互作用方面的注释。越来越多IDP被收入到数据库中以及数据库对IDP....

图2SUMO-1蛋白（Dunkeretal2008）

华中农业大学2020届硕士研究生学位（毕业）论文41.2.2部分无序区域拥有特异的二级结构传统蛋白质被认为拥有二级至四级的稳定空间结构。根据蛋白质的结构，可以将蛋白质分为四级，分别是一级结构：组成多肽的氨基酸序列；二级结构：多肽链中主链原子的局部空间排布不涉及侧链部分的构象，分为....

图3BRD4与MED1在细胞内聚集（Sabarietal2018）

基于混合序列复杂度方法的蛋白质无序区域预测模型构建7图3BRD4与MED1在细胞内聚集（Sabarietal2018）Fig.3BRD4andMED1formaggregationincells(Sabarietal2018)1.3.2无序区域中氨基酸残基突变可能会打破液液相分离....

图4氨基酸序列的混合复杂度Fig.4Hybridcomplexityoftheaminoacidsequenceω

华中农业大学2020届硕士研究生学位（毕业）论文

本文编号：3898559