基于基因组分析的地衣放线菌的次生代谢产物研究

发布时间：2024-02-03 20:59

　　地衣是由真菌与蓝藻(或绿藻)形成的稳定的共生有机体。地衣的分布范围十分广泛,可在多种极端环境中生存,并且凭借其产生的具有多种活性的代谢产物在生态环境中起着重要作用。除了共生真菌和共生藻以外,地衣共生体中还存在着大量的细菌,它们为地衣共生系统中的真菌和藻类提供氮源、磷源、生长激素类物质,并协助光合作用和抵御生物胁迫等等。地衣细菌中包含大量的放线菌,它们起着生态防护作用。但是目前对地衣放线菌的物种多样性、特殊的生物活性以及在地衣共生系统中的地位和作用等研究甚少。因此,实验室开展了地衣稀有放线菌代谢产物的研究,以期阐明地衣放线菌在地衣共生系统中的生物学地位。本实验以分离自网脊肺衣中的放线菌目微杆菌科Subtercola属的稀有放线菌菌株9846a为研究对象,对其进行了全基因组测序。根据全基因组鸟枪法策略,利用Illumina MiSeq平台第二代测序技术(Next-Generation Sequencing,NGS)对菌株9846a进行全基因组双末端测序,下机数据表明,菌株9846a的Reads总数为5,825,924,碱基总数为172,494,754 bp,碱基识别准确率在99%以上的碱基...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2.1菌株9846a菌落形态

r与扩增后的DNA样品3μL入5μLDNAMarker。压120V，电泳时间为30m1500bp左右的条带，拍照，模板送至上海生工生物工程有A格式上传至NCBIBlast进行种。线菌，在ISP2培养基上25℃淡黄色，质地粘稠。菌株98

图2.29846a16srRNA序列PCR扩增片段电泳Figure2.29846a16srRNAsequencePCRamplificationfragmentelectrophoresis

图2.29846a16srRNA序列PCR扩增片段电泳6a16srRNAsequencePCRamplificationfragmen全基因组测序、组装评估及功能注释A提取试剂盒、DNA凝胶回收试-50、TaqDNA聚合酶、....

图2.3单碱基质量分布图

图2.3单碱基质量分布图Figure2.3Singlebasemassdistributionmap坐标：reads的碱基位置（5→3）：所有reads在该位点的碱基Q值-中位数，蓝线--平均数，黄线--25%-75%区间，触须--10%-90%....

图2.4basecontent分布图

图2.3单碱基质量分布图Figure2.3Singlebasemassdistributionmap坐标：reads的碱基位置（5→3）：所有reads在该位点的碱基Q值-中位数，蓝线--平均数，黄线--25%-75%区间，触须--10%-90%....

本文编号：3894671