基于TCGA和GEO数据库的肾透明细胞癌中关键mRNA-miRNA-lncRNA的生物信息学分析

发布时间：2023-10-20 19:41

　　目的:RC(renal cancer,肾癌)的全球发病率每年都在增加,占所有成人恶性肿瘤的约3%,其中ccRCC(renal cell clear cell carcinoma,肾透明细胞癌)是肾癌中发病率最高的一种亚型,占所有肾癌的75%,随着ceRNA(competing endogenousRNA,内源竞争性RNA)假说的提出,mRNA-miRNA-lncRNA调控网络在癌症基因表达中的作用目前正被广泛认可,这种内源性调控网络在肿瘤的筛查、预防及治疗中有着重要的意义,本研究旨在通过生物信息学技术整合GEO数据库中的三个数据集,找到肾透明细胞癌中的mRNA-miRNA-lncRNA调控网络,为从基因学领域研究肾透明细胞癌的筛查、预防、治疗提供更多新的且有价值的靶点。方法:通过R语言筛选肾透明细胞癌和正常肾组织在三个GEO数据集(GSE781GSE6433 GSE11151)中分别表现为上调和下调的DEGs(differentially expressed genes,差异性表达基因)。利用FUNRICH软件及KOBAS网站对筛选出DEGs进行GO、KEGG以及PANTEHER通路分...

【文章页数】：46 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
中文摘要
英文摘要
(一)前言
(二)材料与方法
    1.数据收集
    2.筛选差异性表达基因 DEGs
    3.DEGs的功能富集分析
    4.蛋白质-蛋白质互作网络的构建以及中枢基因的筛选
    5.预测有意义的HubDEGs上游的miRNA
    6.预测关键miRNA上游的lncRNA
    7.lncRAN与mRNA的相关性分析
(三)结果
    1.筛选与肾透明细胞癌相关的差异性表达基因
    2.对显著上调和下调的差异性表达基因进行功能富集分析
    3.蛋白质-蛋白质互作网络的构建以及中枢基因的筛选
    4.预测上述14个中枢基因上游的miRNA并筛选出关键miRNA
    5.关键lncRNA的筛选
    6.验证关键lncRNA与靶基因的相关性
    7.肾透明细胞癌相关的关键mRNA-miRNA-lncRNA调控轴的构建
(四)讨论
(五)参考文献
综述 肾透明细胞癌相关内源竞争性RNA假说(competing endogenous RNAs,ceRNAs)的研究进展
    参考文献
攻读学位期间发表论文情况
致谢



本文编号：3855407