两种肺动脉高压模型小鼠的基因表达谱分析

发布时间：2023-04-02 12:08

　　目的利用芯片技术和生物信息学分析方法挖掘肺动脉高压(PAH)关键基因,探讨PAH的发生机制。方法用自测数据-低氧性PAH小鼠差异表达矩阵和NCBI数据库下载的小鼠PAH表达谱芯片数据(GSE48936);联合分析这两组数据。结果 1)得到共同差异表达基因112个;2)GO结果表明这些基因主要富集在炎性反应、防御反应、刺激反应等生物学过程;3)KEGG分析发现这些基因主要参与趋化因子信号途径、细胞因子与其受体相互作用、细胞色素p450对外源物质代谢的影响等通路;4)利用于String数据库对这112个基因分析,筛选出10个degree得分较高的中心基因CD68、CD86、CCL6、ms4a6d、CXCL10、C3ar1、CXCL9、C1qA、C1qB、Ctss;将这些基因利用Cytoscape软件进行模块分析,筛选出3个显著模块,显著模块涉及基因主要富集在炎性反应、IL-17、白细胞迁移正调控和防御反应的调节等信号通路。结论这些基因可能与PAH发生发展密切相关,为PAH发病的分子机制提供一定参考。

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【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 自测数据中实验动物的分组
    1.2 取材
    1.3 低氧性肺动脉高压模型小鼠芯片实验操作流程
    1.4 GSE48936数据获得
    1.5 自测数据(低氧性肺动脉高压小鼠芯片数据)和GSE48936数据联合分析
    1.6 共同差异表达基因的功能富集分析
    1.7 蛋白质相互作用网络(PPI)分析和模块筛选
2 结果
    2.1 自测数据(低氧性肺动脉高压模型)肺组织差异表达基因
    2.2 GEO数据信息与差异表达基因的鉴定
    2.3 自测数据(低氧性肺动脉高压小鼠芯片数据)和GSE48936数据联合分析
    2.4 GO和 KEGG 通路富集分析
    2.5 蛋白互作网络(PPI)及模块分析
3 讨论



本文编号：3779197